Pada software INSYSPRO terdapat banyak keunggulan yg bisa diterapkan pada perusahaan yang berbasis organisasi matrik. Organisasi yang mempunyai banyak departemen di mana masing-masing departemen dipegang oleh para spesialis (tim ahli) guna mencapai tujuan perusahaan secara khusus. Struktur organisasi matriks sering diterapkan pada suatu pekerjaan yang merupakan proyek-proyek besar. Secara nyata terlihat bahwa untuk menangani suatu proyek yang cukup besar dengan permasalahannya yang sangat kompleks, diperlukan suatu upaya penyelesaian yang tepat, baik ditinjau dari segi waktu, tenaga maupun biaya yang dibutuhkan. Maka dibutuhkan suatu sistem yang menunjang kinerja organisasi matrik, karena dirasakan bahwa bentuk organisasi yang disebutkan sebelumnya banyak kendala untuk menyelesaikan berbagai permasalahan tersebut. Pada dasarnya tujuan dari organisasi matrik memadukan struktur organisasi yang telah ada serta unsur personalia dengan berbagai spesialisasinya guna menyelesaikan suatu proyek. Dalam organisasi matriks, seorang bawahan mempunyai dua orang atasan sehingga mereka dibawah dua jalur wewenang atau dengan kata lain mempunyai dua rantai perintah, yang satu secara vertikal (bersifat fungsional) sedang lainnya secara horizontal yang berasal dari perintah pimpinan proyek. Bila kedua jalur tersebut digabungkan, akan terlihat bentuk sebuah matriks, sehingga disebut organisasi matriks.